一灶壶、ScaleData()簡(jiǎn)介 單細(xì)胞基因表達(dá)counts矩陣數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)NormalizeData()歸一化處理后，還需要進(jìn)行scale標(biāo)準(zhǔn)化陨亡。ScaleData()[http...
IP屬地：湖南
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seurat-ScaleData()源碼解析 -
不看私信<br>看不到的文章是被簡(jiǎn)書(shū)鎖了
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理小細(xì)節(jié)匯總1. Seurat對(duì)象查看當(dāng)前的Assay 在進(jìn)行了SCTransform操作后奇徒，矩陣默認(rèn)會(huì)變成SCT矩陣，如果不加設(shè)置偿乖，后續(xù)的PCA等操作都是基于SCT矩陣击罪。修改Defau...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名哲嘲？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋媳禁，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽眠副，或者說(shuō)起個(gè)別名，這些信息都存在@meta.data信息里竣稽，所以不用特意去更改細(xì)胞名字囱怕，S...
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空間轉(zhuǎn)錄組去卷積分析工具介紹——CARD簡(jiǎn)介 ??目前，單細(xì)胞技術(shù)發(fā)展迅速丧枪，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以幫助我們獲得組織中每個(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)水平光涂，但卻無(wú)法獲得對(duì)應(yīng)空間位置上的信息∨》常空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)（spatial trans...
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10x HD圖片配準(zhǔn)目前經(jīng)手的10x HD數(shù)據(jù)忘闻，基本上都要進(jìn)行圖像配準(zhǔn)。建議先人工對(duì)齊恋博，然后再進(jìn)行spaceranger分析齐佳，以免分析完成后發(fā)現(xiàn)對(duì)不起齊，還要在調(diào)整后再次跑spaceranger...
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STOmics-seq：Stereopy教程（一）一债沮、背景介紹 大家其實(shí)對(duì)華大測(cè)序的原理什么的都知道炼吴，但是以下概念是比較重要的，什么是DNB疫衩，bin硅蹦，我們?cè)趺催x擇binsize的大小等問(wèn)題就至關(guān)重要了。首先解釋以下DNB和b...
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空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理闷煤？從github上參考作者回復(fù)童芹，有個(gè)函數(shù)來(lái)生成整體的hvg Yes, we do recom...
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多組cellchat數(shù)據(jù)分析
1. 合并多組數(shù)據(jù) 2.繪制兩組circle圖 3.繪制兩組bubble圖 更多詳情，可查看官方說(shuō)明Comparison_analysis_of_multiple_datas...
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scDRSMAGMA安裝 下載linux版本鲤拿，在服務(wù)器解壓即可使用假褪。 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 gene location數(shù)據(jù)image.png reference dataimage.png snp...
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傳說(shuō)中的 “bio生物信息” 首席編輯
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Post-GWAS: single-cell disease relevance score (scDRS) 分析1生音、scDRS的計(jì)算原理如下所示： 圖片來(lái)源：Zhang M J, Hou K, Dey K K, et al. Polygenic enrichment distingui...
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MAGMA軟件實(shí)現(xiàn)gene-based & gene-set-based關(guān)聯(lián)分析
作者：Bio_gevin審稿：童蒙編輯：amethyst 隨著全基因組關(guān)聯(lián)分析使用樣本數(shù)量的增加，人們也逐漸認(rèn)識(shí)到很多感興趣的性狀在本質(zhì)上是由微效多基因控制窒升。單個(gè)SNP的關(guān)聯(lián)...
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使用GWAS分析與疾病相關(guān)的細(xì)胞類型
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143[https://zhuanlan.zhihu.com/p/467150143] 分析工...
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DecontX - 去除單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中環(huán)境RNA污染
DecontX是一種通過(guò)去除RNA測(cè)序數(shù)據(jù)中非細(xì)胞信號(hào)的工具缀遍，它適用于單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)和高通量RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。https://github.com/campbio/cel...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)定義肝臟分區(qū)和結(jié)構(gòu)成分的轉(zhuǎn)錄模式hello饱须，大家好瑟由，又是周一，新一周的開(kāi)始，今天我們要繼續(xù)分析我們的空間轉(zhuǎn)錄組的個(gè)性化分析歹苦，文章在Spatial Transcriptomics to define tran...
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R語(yǔ)言分?jǐn)?shù)字符串變小數(shù)
最近處理數(shù)據(jù)遇到了分?jǐn)?shù)表示的字符串青伤，希望其能變成小數(shù)，現(xiàn)找到如下一些解法例如殴瘦，有如下分?jǐn)?shù)字符串狠角，要把它轉(zhuǎn)變?yōu)樾?shù) 第一種方法 利用eval(parse())函數(shù)，不多說(shuō) 第二...
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TCGA數(shù)據(jù)下載及處理篩選數(shù)據(jù)蚪腋，加入cart 從cart中下載需要的文件 紅框中為需要下載的文件丰歌。 我選擇了使用linux client和gdc_manifest.txt下載的方式。client可...
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日拱一卒屉凯，功不唐捐??更多內(nèi)容https://www.yuque.com/books/share/24352a21-d357-4bd2-b211-fbc801f0cb79?# 《大魚(yú)的生信筆記》