Linux筆記
Linux系統(tǒng)相關
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- Linux環(huán)境變量
- Linux設定定時程序
- Linux文件操作
- Linux重定向和管道命令
- Linux手動編譯軟件
- grep的用法
- Linux創(chuàng)建賬戶并賦予管理員權限
- Linux更改用戶/組id
- Linux掛載命令mount詳解
- Linux修改MAC地址
Linux軟件
環(huán)境配置筆記
Linux相關
- CentOS 7升級gcc版本
- yum安裝軟件報錯lvm.LibLVMError: (0, '')
- linux編譯編譯錯誤‘GLIBCXX_3.4.20’ not found
- linux升級cmake
- Ubantu安裝深度學習環(huán)境全記錄
R語言相關
- R語言安裝外源包編譯報錯：‘for’ loop initial declarations are only allowed in C99 mode
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- hdf5r安裝時遇到的無數(shù)的坑
- Monocle3的安裝
- SeuratData包InstallData()無法安裝數(shù)據(jù)集
- 安裝stringi, stringr報錯whether the C++ compiler supports the long long type... no
- Rstudio-server升級R版本
- 常用的R配置文件
- R裝包報錯：libicuuc.so.58: cannot open shared object file: No such file or directory
其他
單細胞筆記
測序技術
scRNA-seq分析
- tSNE和UMAP
- scRNA-seq去除批次效應的方法總結
- Seurat v4新特性
- inferCNV的使用
- Seurat中尋找差異基因的方法
- 軌跡推斷之Monocle3
- 軌跡推斷之RNA velocity
- 細胞通訊介紹
- 細胞通訊之CellphoneDB
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- 10x Genomics上游數(shù)據(jù)處理（Cell Ranger的使用）
scATAC-seq分析
- scATAC-seq介紹
- scATAC-seq測序方法和數(shù)據(jù)分析
- scATAC-seq的應用
- scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理
- SHARE-seq 處理fragment文件流程記錄
- Signac::GeneActivity()函數(shù)源碼解讀
- scATAC-seq的細胞注釋工具AtacAnnoR
- 10x Genomics scATAC-seq上游數(shù)據(jù)處理（Cell Ranger ATAC的使用）
- 分享兩篇深度分析scATAC-seq計數(shù)矩陣方法的好文
常用代碼
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算法筆記
機器學習相關
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生信筆記
bulk轉錄組數(shù)據(jù)分析
- NCBI下載SRR并轉為fastq文件
- 轉錄組下游分析之1：轉錄本定量方法RPKM爽雄、FPKM 蝠检、TPM和CPM
- 轉錄組下游分析之2：樣本間Spearman相關分析
- 轉錄組下游分析之3：PCA分析
- 轉錄組下游分析之4：差異分析
- 轉錄組下游分析之5：富集分析
- 轉錄組下游分析之：WGCNA
- TCGA數(shù)據(jù)下載及生存分析
- 從零開始轉錄組上游分析（hisat2+ stringtie）
- 轉錄組下游分析之：GSEA
GWAS筆記
- GWAS相關遺傳學概念
- GWAS與eQTL
- major/minor/REF/ALT/risk/effect allele 概念解析
- 連鎖不平衡LD
- 連鎖不平衡回歸LDSC
- 文章分享-Functional characterization of Alzheimer’s disease genetic variants in microglia
- 文章分享-Single-cell epigenomic analyses implicate candidate causal variants at inherited risk loci for Alzheimer’s and Parkinson’s diseases
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其他
編程筆記
R語言筆記
base R
- R語言的向量化取最大/最小值
- R語言ifelse與switch語句
- R語言生成組合數(shù)combn()
- R語言遞歸執(zhí)行同一個函數(shù)Reduce()
- R語言對因子水平快速排序reorder
- R語言對列表元素執(zhí)行可變長參數(shù)函數(shù)do.call()
- R語言列舉目錄下所有的文件名
- base R的拼圖函數(shù)
- base R的字符串常用函數(shù)
- R語言計時函數(shù)
tidy R
R包
python筆記
python基礎筆記
- python函數(shù)定義中的*args 和 **kwarg
- python繪制兩組分布的分布圖
- python中的路徑名生成os.path.join()
- python格式化字符串
- R語言和python函數(shù)對應表
- 一文搞懂python中import的相關用法
- python matplotlib調(diào)色盤
pandas筆記
- pandas Series的類型及相互轉換
- pandas.concat()函數(shù)：連接DataFrame
- pandas中dataframe的groupby方法：分組處理
- pandas DataFrame和numpy array的操作
- pandas查看離散數(shù)據(jù)的分布情況：value_counts()
Pytorch筆記
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- Pytorch筆記2-pytorch的數(shù)據(jù)集構建和相關操作
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- Pytorch筆記5-在合適的device上訓練模型
- Pytorch筆記6-訓練過程試運行
- Pytorch筆記7-訓練、驗證挚瘟、測試模型
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其他
git筆記
- git版本控制
- github的本地配制方法
- 將倉庫同時推送到github和gitee
- 在github部署靜態(tài)網(wǎng)頁的兩種方法
- ubantu安裝Ruby和Jekyll
- Jekyll 搭建個人網(wǎng)站（1）
其他技巧
路漫漫其修遠兮叹谁，吾將上下而求索
